各阿米巴为赚取自己的收入、为保护自己，不得不诉诸自我；但相对的，从全公司角度来看，整体利益的最大化才是原本的使命。一旦个体利益与整体利益间起冲突，将会纠纷不断。要想解决纠纷，身为个体，在维护自己部门的同时，必须具备一套能够跳脱不同立场、从更高的层次思考事物、做出判断的经营哲学。
这里所谓的哲学，就是我平常一直在说的，以“人应为的正道”作为判断标准的经营哲学。在企业经营骨架中有了这样的普世经营哲学，阿米巴才能避免彼此间自我意识的相互冲突，努力使个体利益与整个利益相调和。所谓的阿米巴经营，就是根据哲学正确地解决部门间的利害冲突，进而同时追求个体与整体的利益。也就是说，阿米巴经营必须以哲学为基础，才可能克服利害冲突、正常地发挥功能。
会成为领导者的人，很多原本都是有强烈自我意识、自信心很强的人。我一向也常说，领导者必须有强烈的自我主张，而且热情要多到有点要和人吵架的地步才行。然而，一旦公司内部发生利害冲突、产生争执，立场顽固、声音大、态度强势的领导者，如果为了让自己的利益最大化，就践踏对方的立场，将无法保护公司整个的利益与伦理。正因为如此，公司不能懈怠，要努力培养高层次哲学，使人不诉诸自我中心的行为、能够自律。
争执如果变得不可收拾，居上位的领导者必须介入仲裁。此时，重要的是，主管应仔细聆听双方的说法，像江户中期的名臣大岡忠相那样，做出公平的裁定，由大家共同遵守。如果与公司内部的买卖价格有关，必须做出像是“这是你这这边有问题，你要更努力降低售价”之类的公正判断。